В средней школе занимаются ученики, закончившие неполную среднюю школу. 90 % всех японцев проходят через среднюю школу. Чтобы поступить в среднюю школу необходимо сдать вступительный экзамен. Существуют также школы, в которых действует система поступления по рекомендации.
Даже если человек не закончил японскую неполную среднюю школу, но получил образование, которое эквивалентно образованию неполной средней школы, то он может сдавать вступительные экзамены в среднюю школу.
Существует много видов средних школ. Школы разделяются на основании своей специфики: школы могут предоставлять общий курс обучения, специализированный курс (технический, экономический, сельскохозяйственный, курс изучения иностранного языка и т.д.) а также общие курсы обучения. Школы также классифицируются на основании часов обучения: дневное время (zennichi sei), неполный рабочий день (teiji sei), заочное обучение (tsushin sei). Помимо этого существуют новые типы средних школ. Некоторые школы имеют специальные системы обучения для иностранцев.