Префектура расположена в Северо-Западном Кюсю. Граничит с префектурой Сага на востоке. Омывается водами моря Гэнкаи и Цусимского пролива на севере, моря Ариакэ на востоке, моря Амакуса на юге и Восточно-Китайского моря на западе. В префектуру входят четыре покрытых холмами полуострова (Кита Мацура, Ниси Соноги, Нагасаки и Симабара), много прибрежных островов, включая Цусима, Хирадосима, группы островов Гото и Ики. Климат в основном мягкий благодаря южному расположению и теплым океанским течениям.
Из-за близости к Азиатскому материку район Нагасаки с давних времен был одним из главных пунктов, через который осуществлялись контакты Японии с иностранными государствами. Частыми гостями этих мест стали многочисленные европейские миссионеры и купцы. В 1637 г. на полуострове Симабара произошло крупное восстание, вызванное преследованием христиан со стороны сёгуната Токугава. Большую часть периода Эдо (1600–1868) город Нагасаки оставался единственным портом, открытым для внешней торговли. Современные границы установлены в 1883 г. после Реставрации Мэйдзи. В 1945 г. Нагасаки стал вторым после Хиросимы городом, который подвергся атомной бомбардировке.
Главные сельскохозяйственные культуры — картофель и батат. На островах Хирадосима и Гото разводят скот. Рыболовство занимает второе место после Хоккайдо. Ведутся добыча и обработка жемчуга и морских водорослей. Добыча угля началась в ХVIII в. и процветала в период Мэйдзи (1868–1912), но затем большинство шахт было закрыто. В префектуре производятся изделия машиностроения, транспортное оборудование, продукты питания.
В число туристических достопримечательностей входят национальные парки Ундзэн-Амакуса и Сайкай, остатки голландской торговой фактории на острове Дэдзима, китайская часовня Сёофукудзи в Нагасаки. Есть памятные места, связанные с христианством, такие как руины замка Хара. Площадь — 4113 кв. км. Население — 1563 тыс. человек. Административный центр — Нагасаки. Другие крупные города — Сасэбо, Исахая и Омура.
