Префектура расположена в Центральном Хонсю и окружена префектурами Фукуи, Сига и Миэ с востока, префектурой Нара — с юга и префектурами Хёго и Осака — с запада. С северной стороны омывается водами Японского моря. Горным хребтом Тамба префектура Киото разделена на две части: северную, раньше состоявшую из провинций Тамба и Танго, и южную, бывшую ранее провинцией Ямасиро. Южная часть стала центром Японии и пышно расцвела после переноса туда в 794 г. столицы страны. Город получил название Хэйан(кё) , а позже стал называться Киото (Столичный город), дав в 1876 г. название всей префектуре. Площадь префектуры составляет 4,613 кв. км, а ее население, сконцентрированное главным образом в южной части и столице префектуры — г. Киото, превышает 2,6 млн. человек.
С географической точки зрения южная часть префектуры является частью бассейна Киото, окруженного горами, самая высокая из которых — гора Хиэй (848 м). Отроги горных массивов Тамба и Танго формируют в северной части префектуры полуостров, выдающийся в Японское море. Реки Юдзигава, Кацурагава, Камогава, Ёдогава и Юрагава, большая часть которых протекает в южной части префектуры, создают ее водный бассейн. Климат здесь довольно теплый, ближе к морскому побережью более влажный. Хотя Цусимское течение и влияет на погоду в этой части о. Хонсю, причем весьма активно, горные массивы позволяют сохранять в префектуре Киото умеренный климат, благоприятный для земледелия.
Хорошие климатические условия стали причиной того, что еще в периоды Дзёмон (10 000–300 гг. до н. э.) и Яёй (300 г. до н. э. — 300 г. н. э.) в этом географическом районе сконцентрировались поселения нескольких местных племен. Позже сюда же переселились иммигранты из Кореи и Китая, которые частично покорили, частично ассимилировались с этими племенами. С возникновением японского государства и переносом столицы империи в Киото провинции, расположенные на месте нынешней префектуры, стали играть одну из важных ролей в истории страны. Именно здесь на протяжении многих столетий располагалась резиденция японского императора, и это объясняет тот факт, что для строительства города, его замков и храмов привлекались лучшие архитекторы и художники страны, а сама территория нынешней префектуры была местом жительства многих известных политических, культурных и религиозных деятелей Японии.
Сегодня префектура Киото прежде всего туристический центр Японии. Каждый год столицу древнего государства посещает более 38 млн. человек, и эта цифра постоянно растет. Внимание туристов привлекают исторические, архитектурные и культурные памятники Японии, многие из которых имеют мировое значение. Императорский дворец и замок Нидзё, святилище Хэйан и многочисленные буддийские храмы — Хонгандзи, Киёмидзудэра, Ниннадзи, Дайтокудзи, Кинкакудзи, Гинкакудзи, Рёандзи и многие другие — стали местом паломничества японских и иностранных туристов. Пользуются широкой популярностью и живописные окраины Киото, а национальные парки Вакаса и Санъин, расположенные вдоль берега Японского моря, являются удобным местом для отдыха в стороне от главных туристических достопримечательностей.
Индустрия и сервис префектуры сориентированы главным образом на поддержание и обслуживание туристического бизнеса. Здесь производится масса как недорогих сувениров, так и продукция, являющаяся «визитной карточкой» префектуры Киото и всей Японии в целом и известная своим эксклюзивным качеством. К ней относятся, например, изделия домов тканей «Нисидзин-ори» и «Юдзэн», керамика Киёмидзу, знаменитая японская посуда, веера, куклы и многое другое. Большая часть предприятий по выпуску сувенирной и представительской продукции сконцентрирована при этом в самом г. Киото и его окрестностях. Северная часть префектуры более известна производством шелков и сакэ. Южная часть префектуры, входящая в индустриальную зону Хансин, в промышленном отношении гораздо более развита. Из современных отраслей промышленности наиболее сильными позициями обладают машиностроение, металлообработка и производство синтетических волокон. Префектура обеспечена сельскохозяйственными мощностями среднего уровня, способными удовлетворить собственные потребности в овощах, рисе и др. злаковых. Горные массивы префектуры обладают запасами леса, в том числе криптомерии, а Японское море традиционно является местом рыбного промысла.