От самого начала своей истории и вплоть до Реставрации Мэйдзи храмы представляли собой общественные институты, исключение составляли лишь несколько храмов императорской семьи. Затем, в течение примерно семидесяти лет, все они были государственными и находились под контролем национального правительства. И наконец, после принятия главнокомандующим союзных войск 15-го декабря 1945 года так называемой Директивы о синтоизме храмы утратили государственный статус и стали частными.
Директива о синтоизме поставила храмы в абсолютно непривычную и исключительно трудную ситуацию, ведь исторически сложилось так, что несколько храмов на протяжении многих веков были тесно связаны с императорской семьей, еще некоторые принадлежали знати, но большую их часть либо содержали обычные люди, либо они обладали своего рода двойным статусом. Таким образом, за небольшим исключением, храмы поддерживались простым народом. Несмотря на то, что они получали в дар земли и деньги от правительства, знати, местных феодалов и влиятельных семей, полномочия традиционных священников, а также право местных прихожан проводить религиозные праздники и обряды всегда соблюдались. После Реставрации Мэйдзи ситуация коренным образом изменилась – храмы стали государственными учреждениями, а священники превратились в государственных служащих, и хотя строгий контроль осуществлялся только над 224 храмами (канкоку-хэйся), которыми государство управляло напрямую, последние исследования показали, что все решения по наиболее важным вопросам касательно персонала и собственности храмов, проведения обрядов и религиозных праздников принимались чиновниками соответствующего ведомства. Так продолжалось почти три четверти века.
Упомянутой выше Директиве предшествовало учреждение трех национальных организаций, которые должны были заниматься всеми вопросами, связанными с синтоизмом: Национальной ассоциации синтоистских священников (Дзинги Кай), Исследовательского института японской классики (Котэн Кокю Сё) и Ассоциации поддержки Великого Храма (Дзингу Хосай Кай). Решение о членстве в них принималось каждым храмом индивидуально и эти организации никак не могли повлиять на администрацию и паству того или иного храма. Что же касается отдельных храмов, они не контактировали между собой, даже если располагались на одной территории или были посвящены одними и тем же божествам.
В результате, когда государственный контроль и управление храмами были неожиданно упразднены Директивой о синтоизме, никто не имел понятия, что следует делать. Соответствующая резолюция Директивы запрещала "финансирование, поддержку, постоянный контроль и распространение синтоизма" любыми официальными учреждениями или людьми, действующими от имени правительства, однако в этом документе не было рекомендаций относительно реорганизации храмов, а оккупационные власти также не отдавали никаких распоряжений. В связи с этим каждый из более чем ста тысяч храмов временно остался без всякой поддержки, равно как и без твердого руководства, а священнослужители утратили официальный статус и стали частными лицами.
3 февраля 1946 года три национальные организации, которые занимались вопросами синтоизма, были расформированы, и их лидеры создали новое крупное объединение, Ассоциацию синтоистских храмов (Дзиндзя Хонтё). Руководители Ассоциации призвали священнослужителей местных храмов, разбросанных по всей стране, присоединиться к ней, и большинство, за небольшим исключением, согласились. Около 1000 храмов остались независимыми, и приблизительно 250 храмов вошли в небольшие ассоциации, в основном территориальные. Среди них — Ассоциация храмов Южного Хоккайдо (Хоккайдо Дзиндзя Кёкаи), Ассоциация храмов (Дзиндзя Хонкё) в Киото и Ассоциация храмов Кисо Митакэ (Кисо Митакэ Хонкё) в префектуре Нагано. Из тех храмов, что предпочли стать полностью независимыми, лишь 16 являются важными крупными центрами, которые прежде контролировались правительством. Надо отметить, что в послевоенный период храмы оказались более успешными в поддержке своих объединений, чем какие-либо другие религиозные организации.
Ассоциацией синтоистских храмов управляет совет консультантов, состоящий из представителей ассоциаций 46 префектур (Дзиндзя тё). Совет избирает исполнительного секретаря и принимает все крупные политические решения. Главное управление Ассоциации имеет шесть департаментов и располагается в районе Вакаги-тё, Сибуя-ку в Токио. Первым президентом Ассоциации синтоистских храмов был ныне покойный достопочтенный Нобусуке Такацукаса, первосвященник храма Мэйдзи. Его преемником стал Юкидата Сасаку, в прошлом — первосвященник Великого Храма Исэ. Почетным президентом Ассоциации является госпожа Фусако Китасиракава, Верховная Жрица Исэ. В июне 1958 года в Ассоциацию входили 79 457 храмов. Если говорить точнее, то это даже не отдельные храмы, а целые храмовые объединения.
На местном уровне храмами управляют священники и комитеты, созданные из прихожан. Храмы обычно зарегистрированы как религиозные юридические лица. Они владеют землей, зданиями и пополняют свои фонды благодаря приношениям и подаркам.
Ассоциация синтоистских храмов имеет тесные связи с Университетом Кокугакуин, единственным высшим учебным заведением Японии, где изучается синтоизм. Ассоциация также состоит в Лиге японских религий (Нихон Сюкё Рэнмэй). Неофициальным "рупором" синтоистского сообщества можно считать независимое еженедельное издание Дзиндзя Синпо ("Новости Синтоизма").
По материалам издания «Синтоизм» / Сокио Оно, Уильям Вудард; пер. с англ. Ю. Гладковой. - М.: ООО Издательский дом «София». ISBN 5-91250-240-6.